Skip to main content

Table 3 Predicting collaboration of TFs in regulation of the most affected signaling pathways

From: Predicting involvement of polycomb repressive complex 2 in direct conversion of mouse fibroblasts into induced neural stem cells

G.symbol

MAPK signaling pathway

Transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway

G-protein coupled receptor signaling pathway

Wnt receptor signaling pathway

Ras protein signal transduction

ERK1-ERK2 cascade

Rho protein signal transduction

Transforming growth factor beta receptor signaling pathway

Cytokine-mediated signaling pathway

BMP signaling pathway

Suz12

0.56a

0.54

0.60

0.63

0.43

0.47

0.46

0.51

0.37

0.67

Nanog

0.51

0.42

0.32

0.44

0.48

0.5

0.53

0.48

0.41

0.60

Mtf2

0.41

0.46

0.43

0.55

0.28

0.33

0.33

0.41

0.34

0.71

Pou5f1

0.44

0.37

0.29

0.5

0.33

0.44

0.33

0.34

0.48

0.60

Tcf3

0.47

0.33

0.31

0.42

0.35

0.47

0.36

0.41

0.27

0.71

Sox2

0.34

0.31

0.25

0.42

0.38

0.33

0.4

0.27

0.27

0.53

Smarca4

0.38

0.30

0.26

0.32

0.25

0.41

0.3

0.37

0.34

0.42

Ezh2

0.26

0.31

0.28

0.38

0.33

0.22

0.33

0.31

0.13

0.67

Pparg

0.34

0.33

0.28

0.28

0.35

0.33

0.3

0.34

0.24

0.42

Jarid2

0.26

0.27

0.26

0.34

0.17

0.22

0.2

0.31

0.20

0.57

Trim28

0.27

0.24

0.21

0.38

0.17

0.22

0.16

0.37

0.24

0.5

Tet1

0.26

0.24

0.25

0.32

0.20

0.25

0.2

0.34

0.27

0.28

Sall4

0.30

0.31

0.10

0.25

0.12

0.41

0.1

0.20

0.17

0.39

Myc

0.23

0.19

0.18

0.23

0.10

0.22

0.4

0.17

0.27

0.25

Tfap2c

0.22

0.22

0.17

0.13

0.12

0.33

0.13

0.10

0.34

0.28

Olig2

0.22

0.06

0.15

0.25

0.12

0.16

0.16

0.31

0.24

0.28

Wt1

0.16

0.21

0.17

0.28

0.10

0.13

0.1

0.27

0.10

0.321

Rad21

0.16

0.18

0.14

0.21

0.12

0.22

0.13

0.24

0.24

0.17

Nr0b1

0.22

0.22

0.06

0.19

0.10

0.27

0.13

0.10

0.10

0.32

Phc1

0.16

0.19

0.18

0.23

0.07

0.13

0.1

0.13

0.10

0.32

  1. aFraction of differentially expressed genes in each signaling pathways that regulated by given TF. TFs, transcription factors.