Skip to main content

Advertisement

Table 3 Predicting collaboration of TFs in regulation of the most affected signaling pathways

From: Predicting involvement of polycomb repressive complex 2 in direct conversion of mouse fibroblasts into induced neural stem cells

G.symbol MAPK signaling pathway Transmembrane receptor protein tyrosine kinase signaling pathway G-protein coupled receptor signaling pathway Wnt receptor signaling pathway Ras protein signal transduction ERK1-ERK2 cascade Rho protein signal transduction Transforming growth factor beta receptor signaling pathway Cytokine-mediated signaling pathway BMP signaling pathway
Suz12 0.56a 0.54 0.60 0.63 0.43 0.47 0.46 0.51 0.37 0.67
Nanog 0.51 0.42 0.32 0.44 0.48 0.5 0.53 0.48 0.41 0.60
Mtf2 0.41 0.46 0.43 0.55 0.28 0.33 0.33 0.41 0.34 0.71
Pou5f1 0.44 0.37 0.29 0.5 0.33 0.44 0.33 0.34 0.48 0.60
Tcf3 0.47 0.33 0.31 0.42 0.35 0.47 0.36 0.41 0.27 0.71
Sox2 0.34 0.31 0.25 0.42 0.38 0.33 0.4 0.27 0.27 0.53
Smarca4 0.38 0.30 0.26 0.32 0.25 0.41 0.3 0.37 0.34 0.42
Ezh2 0.26 0.31 0.28 0.38 0.33 0.22 0.33 0.31 0.13 0.67
Pparg 0.34 0.33 0.28 0.28 0.35 0.33 0.3 0.34 0.24 0.42
Jarid2 0.26 0.27 0.26 0.34 0.17 0.22 0.2 0.31 0.20 0.57
Trim28 0.27 0.24 0.21 0.38 0.17 0.22 0.16 0.37 0.24 0.5
Tet1 0.26 0.24 0.25 0.32 0.20 0.25 0.2 0.34 0.27 0.28
Sall4 0.30 0.31 0.10 0.25 0.12 0.41 0.1 0.20 0.17 0.39
Myc 0.23 0.19 0.18 0.23 0.10 0.22 0.4 0.17 0.27 0.25
Tfap2c 0.22 0.22 0.17 0.13 0.12 0.33 0.13 0.10 0.34 0.28
Olig2 0.22 0.06 0.15 0.25 0.12 0.16 0.16 0.31 0.24 0.28
Wt1 0.16 0.21 0.17 0.28 0.10 0.13 0.1 0.27 0.10 0.321
Rad21 0.16 0.18 0.14 0.21 0.12 0.22 0.13 0.24 0.24 0.17
Nr0b1 0.22 0.22 0.06 0.19 0.10 0.27 0.13 0.10 0.10 0.32
Phc1 0.16 0.19 0.18 0.23 0.07 0.13 0.1 0.13 0.10 0.32
  1. aFraction of differentially expressed genes in each signaling pathways that regulated by given TF. TFs, transcription factors.