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Table 2 Complementarity analysis of tRNA species to 3′ untranslated regions of protein-coding genes

From: Human bone marrow- and adipose-mesenchymal stem cells secrete exosomes enriched in distinctive miRNA and tRNA species

Query

Query sequence

Hit length

e value

Bitscore

Gene name

Conservation value

Normalized conservation value

tRNA; Glu; CTC

AGTGGTTAGGATTCGGCGCTCTCACCGCCGCGGCCC

14

0.19

28.2

GOLGA6A

0.510

0.970

tRNA; Glu; TTC

TCCCTGGTGGTCTAGTGGCTAGGATTCGGCGCTTT

24

0.012

32.2

TFCP2L1

0.146

1.067

  

14

0.19

28.2

NELF

-0.303

0.962

  

17

0.74

26.3

KIAA0513

-0.367

1.013

  

13

0.74

26.3

ZBTB45

-0.447

0.950

  

13

0.74

26.3

HHIPL1

-1.103

0.808

  

13

0.74

26.3

HSP90AA1

-0.248

0.982

  

13

0.74

26.3

TULP4

1.937

1.345

  

13

0.74

26.3

SMAD3

0.259

1.001

  

13

0.74

26.3

RPS19

-0.474

0.984

  

13

0.74

26.3

ZNF662

0.140

0.990

  

13

0.74

26.3

AC104841.2

2.810

1.542

tRNA; Gly; GCC

GCATGGGTGGTTCAGTGGGAGAATTCTCGCCT

18

0.19

28.2

PHF13

0.042

0.914

  

14

0.19

28.2

KDSR

-0.243

0.904

  

14

0.19

28.2

PLAGL2

0.634

0.881

  

13

0.74

26.3

NOX5

-0.231

0.982

  

13

0.74

26.3

EPM2AIP1

0.373

0.996

  

13

0.74

26.3

GTF3C1

-0.476

1.095

  

13

0.74

26.3

GPR110

0.293

1.053

  

13

0.74

26.3

TPI1

0.241

0.971

  

13

0.74

26.3

PPP2R1B

-0.302

0.875

  

13

0.74

26.3

LUZP2

0.125

0.998

  

13

0.74

26.3

VPS41

-0.243

0.977

  

13

0.74

26.3

SSR1

0.187

1.025

  

13

0.74

26.3

RUNX2

1.358

0.956

  

13

0.74

26.3

MAP1LC3B

-0.254

0.890

 

GCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCG

14

0.19

28.2

GCM1

0.127

1.032

  

17

0.74

26.3

SLC2A13

0.507

0.983

  

13

0.74

26.3

GTF3C1

-0.476

1.095

  

13

0.74

26.3

HHLA2

-0.075

1.004

  

13

0.74

26.3

TPI1

0.241

0.971

  

13

0.74

26.3

PEG10

-0.126

0.806

  

13

0.74

26.3

EMR2

-0.166

0.954

  

13

0.74

26.3

SSR1

0.187

1.025

  

11

0.7

22.3

THAP5

0.155

0.979

  

11

0.7

22.3

THAP5

0.393

1.029

 

GCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCTG

14

0.19

28.2

GCM1

0.127

1.032

  

17

0.74

26.3

SLC2A13

0.507

0.983

  

13

0.74

26.3

GTF3C1

-0.476

1.095

  

13

0.74

26.3

HHLA2

-0.075

1.004

  

13

0.74

26.3

TPI1

0.241

0.971

  

13

0.74

26.3

PEG10

-0.126

0.806

  

13

0.74

26.3

EMR2

-0.166

0.954

  

13

0.74

26.3

SSR1

0.187

1.025

  

11

0.73

22.3

THAP5

0.155

0.979

  

11

0.73

22.3

THAP5

0.393

1.029

 

GCATTGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCTGCCACGCGGGAGGCCCGGGT

20

0.012

32.2

SOX11

0.180

0.752

  

14

0.19

28.2

GCM1

0.127

1.032

  

17

0.74

26.3

SLC2A13

0.507

0.983

  

17

0.74

26.3

FAM57B

-0.158

0.849

  

13

0.74

26.3

HHLA2

-0.075

1.004

  

13

0.74

26.3

C1orf159

-0.663

0.984

  

13

0.74

26.3

KLC2

-0.224

0.835

  

13

0.74

26.3

PEG10

-0.126

0.806

  

13

0.74

26.3

DRG2

-0.468

0.817

  

13

0.74

26.3

VPRBP

1.514

0.913

  

13

0.74

26.3

TRIM62

-0.098

0.921

  

13

0.74

26.3

EMR2

-0.166

0.954

  

13

0.74

26.3

ANXA8L2

2.926

1.223